De Geertekerk is een kerk in de Nederlandse stad Utrecht. In de middeleeuwen was het een van de vier parochiekerken in die stad, en wel de kleinste en de jongste, gewijd aan de heilige Gertrudis van Nijvel. Het eerste gebouw verrees op een terrein buiten de omwalling, maar tussen 1248 en 1259 werd de kerk overgebracht binnen de stadsmuren. Sindsdien hebben nog vele verbouwingen plaatsgevonden: het koor en dwarsschip dateren uit de veertiende eeuw, de schipzijbeuken van rond 1400. Waarschijnlijk is de uit de dertiende eeuw daterende toren het oudst bewaarde gedeelte.
Na de Hervorming was de Geertekerk achtereenvolgens in gebruik als Hervormde kerk, stal, kazerne, magazijn en van 1814 tot 1930 weer als Hervormde kerk. Als gevolg van een overstroming van de Rijn werden in 1855 honderden inwoners van Veenendaal tijdelijk in de kerk ondergebracht. Eind jaren 1940 bevond de Geertekerk zich in ruïneuze toestand: het dak was geheel verdwenen en bomen groeiden in de kerkruimte. Nadat zij door de Remonstrantse Broederschap was aangekocht, werd het gebouw van 1954 tot 1956 geheel gerestaureerd. Het resultaat was een uiterst sobere kerk met een bijna dorps karakter.
De Geertekerk heeft sinds de restauratie een bijzonder goede akoestiek. Voor veel orkesten en ensembles is deze kerk een geliefde plek om op te treden.
In 2015 zijn er aanpassingen aan het interieur gedaan, zoals grote glazen wanden. Sinds 2017 wordt de Geertekerk ook gebruikt voor congressen, vergaderingen en andere evenementen. Heirloom - Venues of Utrecht is de huidige exploitant van de Geertekerk.